Toiminnan alkuvaiheessa on mahdollista tehdä kiinteistökauppa perustettavan yhtiön lukuun. Jos yhtiön perustamisessa, kiinteistökaupan vastuun ottamisessa ja saannon kirjaamisessa tehdään virheitä, on mahdollista, että kiinteistöä ei katsota hankituksi suoraan perustetulle yhtiölle. Tällöin varainsiirtovero voidaan joutua suorittamaan kahteen kertaan kiinteistön kaupasta.
Jos kiinteistökaupasta vastuun ottanut yhtiö on perustettu jo ennen kauppaa, kyseessä ei ole luovutus perustettavalle yhtiölle. Tällaisessa tilanteessa lukuun ostajan ja aiemmin perustetun yhtiön kesken on laadittava maakaaren muotosäännösten mukainen luovutuskirja. Varainsiirtovero maksetaan sekä lukuun ostajan tekemän kaupan, että lukuun ostajan ja yhtiön välillä tehdyn kaupan perusteella.
Perustamistoimien venyminen voi johtaa myös ongelmiin. Jos vastuu kiinteistön kaupasta ei ole kahden vuoden kuluessa kaupan tekemisestä siirtynyt yhtiölle tai yhtiön perustamisesta on tätä ennen luovuttu, ostajana pidetään yhtiön puolesta kaupan tehnyttä. Jos kiinteistö luovutetaan perustetulle yhtiölle sen jälkeen, kun lainhuuto on myönnetty lukuun ostajalle, on kyse uudesta varainsiirtoverollisesta luovutuksesta.
Yhtiön perustamisoikeudesta voidaan myös luopua kokonaan tai osittain ennen perustamiskokousta. Kyse on varainsiirtoveronalaisesta perustamisoikeuden luovutuksesta, jos kiinteistö on hankittu perustettavan yhtiön lukuun ja yhtiön perustamisoikeus luovutetaan eteenpäin ennen kuin yhtiön perustamiskokous on pidetty ja yhtiön osakkeet on sen yhteydessä merkitty. Tällöin varainsiirtovero suoritetaan sekä kiinteistön hankinnasta perustettavan yhtiön lukuun että perustamisoikeuden edelleen luovutuksesta.
Varainsiirtoverotuksen ongelmilta perustamisoikeuden luovutuksessa vältytään, kun kaikki perustettavan yhtiön osakkeiden merkitsijät on merkitty lukuun ostajiksi kiinteistön kauppakirjaan. Jos kaikkia osakkeiden merkitsijöitä ei ole merkitty kauppakirjaan, ilmaisuerehdyksen tai valtuutuksen olemassaolo voi muuttaa tulkintaa. Perustamisoikeuden luovutusta ei katsota tapahtuneen, jos kauppakirjassa mainitsematon osakkeiden merkitsijä tai perustettu yhtiö pystyy osoittamaan, että kyseessä on kiinteistön kauppakirjassa oleva ilmaisuerehdys tai kauppakirjaan merkitty lukuun ostaja on toiminut kiinteistökaupassa muiden perustettavan yhtiön osakkeita merkinneiden valtuutuksin.